C'est la difficulté avec ces systèmes lorsqu'on est confronté à des pannes intermittentes ou furtives : l'OBD liste des effets, jamais des causes.
Il faut donc reconstituer les interdépendances et, surtout, les hiérarchiser.
Perso, au terme d'un certain nombre d'interventions sur des véhicules récents (je n'en ai pas, donc ça limite) et sur les modules électroniques d'appareils divers qui comportent eux aussi des fonctions d'autodiagnostic (pas très probantes d'ailleurs, surtout quand la panne n'a pas été prévue par le constructeur) j'en suis arrivé à une conclusion simple :
1°) vérification systématique de la réponse des composants primaires (actuateurs et capteurs) via leurs fonctions de transfert (relation entre les tensions appliquées et le travail mécanique fourni ou reçu) ;
2°) dans un deuxième temps seulement, analyse du fonctionnement du module.
Au bout du bout, on gagne son temps et on remplace très peu d'organes.
C'est ce qui m'a fait écrire que ce boulot n'est pas un art, mais une science, car il faut une rigueur de malade et des connaissances relativement étendues dans plusieurs domaines pour s'en sortir sans tourner chèvre.
Concernant ton EGR, le fait de l'avoir désactivée électroniquement a dû accélérer/provoquer son grippage.
Après, je te souhaite de pouvoir en terminer avec la VCV genuine et la reconfiguration du calculateur car j'imagine que tu désactiveras de nouveau l'EGR et que là, tout devrait rentrer dans l'ordre.